Après cinq ans de vie paisible, Sydney va devoir faire face à des évènements inattendus. Une surprise de taille l'entraîne malgré elle à reprendre son poste d'agent à la CIA et retrouver d'anciens collaborateurs et ennemis.
Alors que Vaughn se remet de ses blessures, le APO est confronté à une nouvelle organisation terroriste nommée Storm.
Pour sauver Jack, Sydney doit s'allier avec son pire ennemi :Sloane. Mais en pleine mission, elle decouvre un secret qui pourrait remettre ces 5 dernieres années en question...
la DSR est à la recherche du "gardien". Le portrait de cet homme apparait sur une page d'un manuscrit de Rambaldi...
Vaughn parcourt le monde
à la recherche de son père. Il arrive à trouver la localisation du quartier
général de l'Ordre Magnifique de Rambaldi. Au APO, deux nouvelles recrues
rejoignent les rangs pour renforcer l'équipe.
Un évènement inattendu lance Rachel sur la piste du Cardinal avec qui STORM souhaite nouer une alliance
Afin de retrouver sa fille, Sloane propose un marché au APO. Une équipe du APO part à la recherche d'un terroriste ayant fabriqué un nouveau gaz toxique et qui veut le revendre à STORM. La sphère d'horizon refait surface.
En essayant de retrouver Kimberly, le APO découvre qui se cache derrière la taupe. Peyton rejoint STORM et essaye de se rapprocher de Jacquelyn. Katya met en route son plan diabolique.
Le APO et STORM sont au coude à coude pour retrouver une personne capable de traduire le manuscrit de Guiseppe. Le dossier JS72 contenant le passé mystérieux de Jacquelyn est enfin révélé.
Le APO arrive à stopper les principaux acteurs de STORM. La traduction de la formule de l'antidote de Guiseppe est terminée et révèle une mauvaise surprise. Sydney et le APO se retrouvent confrontés à Katya alors qu'elle avait mis son plan en marche. Bill en mauvaise posture décide de révéler l'histoire de sa vie à son fils.
De façon incroyable, Sloane est libéré et espère très rapidement retrouver son immortalité
Sydney va enfin achever la prophétie de Rambaldi en réduisant les plus grandes puissances à néant. Pour cette ultime aventure, elle fera enfin la rencontre improbable de Rambaldi qui lui révèlera l'ensemble de son oeuvre.
